Voitettuaan arkkivihollisensa Silppurin kilpikonnat kuluttavat aikaansa syöden pitsaa, rullalautaillen ja tehden hanttihommia. Mutta pimeät voimat vaanivat kaupunkia, ja pian nelikko joutuu tähän asti kovimman tehtävänsä eteen. Miljardööri Max Winters haluaa valloittaa maailman voittamattoman hirviöarmeijansa avulla ja ninjakilpikonnat joutuvat turvautumaan kaikkiin taitoihinsa ja temppuihinsa!
Teini-ikäiset mutanttininjakilpikonnat ovat olleet olemassa parikymmentä vuotta, mutta vasta nyt ne saavat täydet voimat! Ensimmäisessä 1990-luvun jälkeen tehdyssä ninjakilpikonnaelokuvassa on käytetty uraauurtavaa tietokonetekniikkaa ja 3D-animaatiota, jotka puhaltavat hahmoihin uutta eloa. Suomenkieliseen versioon äänensä ovat antaneet jo tv:stä tutut Arttu Ala-Jokimäki, Bruno Lähteenmäki, Pasi Ruohonen ja Markus Blom.
